A partir de 2006, as atividades do PPGCOM estão vinculadas a três linhas de pesquisa:

Linha de pesquisa 1: Linguagem dos Meios
  
Esta linha investiga procedimentos/práticas de linguagem e efeitos de sentido nas mídias, comportando enfoques lingüísticos, retóricos, estilísticos, pragmáticos e semióticos, assim como a análise de aspectos técnico-expressivos dos meios.

Docentes da Linha de Pesquisa 1: Cristina Teixeira, Isaltina Mello, Yvana Fechine
 

Linha de pesquisa 2: Mídia e processos sociais 
 
Esta linha propõe investigar os processos comunicacionais na sociedade midiática, nas organizações e instituições, tendo como objetivo estudar as práticas sociais e produtivas de construção da realidade.

Docentes da Linha de Pesquisa 2: Alfredo Vizeu, Edgard Rebouças, Felipe Trotta, José Afonso Jr., Lília Junqueira, Marco Mondaini.



Linha de pesquisa 3: Estética e Cultura Midiática
 
Esta linha pesquisa processos e produtos midiáticos a partir de uma convergência teórica que inclui enfoques culturalistas e estéticos, observando matizes e repertórios da experiência cultural contemporânea, caracterizada pelo crescente domínio da imagem e da mediação.

Docentes da Linha de Pesquisa 3: Ângela Prysthon, Maria do Carmo Nino, Nina Velasco e Cruz, Paulo C. Cunha Filho.